Na wentylatorze znajdującym się na karcie graficznej komputera, najczęściej osadza się bardzo dużo kurzu i brudu, co może w konsekwencji doprowadzić do zepsucia samej karty. Jednym z podstawowych problemów w chłodzeniu komputera jest to, że cyrkulujące powietrze nie jest idealnie czyste. Z tego powodu w miarę upływu czasu, elementy, które odpowiadają w komputerze za chłodzenie, pokrywają się kurzem. W wyniku tego automatycznie maleje wydajność chłodzenia, co inicjuje powstanie problemów z wydajnością komputera.
Generalnie można wyróżnić dwa typy chłodzenia komputera. Mowa tu o chłodzeniu aktywnym i pasywnym. W pierwszym przypadku jedynie zasilacz zapewnia odpowiedni dopływ zimnego powietrza z zewnątrz obudowy komputera, zaś w chłodzeniu pasywnym wspomaga go co najmniej jeden wentylator. Warto zaznaczyć, że wiele podzespołów komputera, na przykład procesor, mogą być wyposażone we własny system chłodzenia. W chłodzeniu pasywnym dany element naszego komputera nie ma wentylatora, ale jedynie radiator, mający postać aluminiowego lub miedzianego bloczka z żeberkami. Prąd cyrkulującego powietrza ma z założenia wystarczyć do odprowadzenia ciepła emitowanego przez podzespół. Z kolei, aktywny układ chłodzenia podzespołów komputera dysponuje wentylatorem, dzięki czemu we własnym zakresie zapewnia prąd chłodzącego powietrza.
W przypadku niektórych komputerów, do chłodzenia procesora, twardych dysków lub kart graficznych stosowane jest specjalne chłodzenie, korzystające z dodatkowego wentylatora, który zasysa zimne powietrze spoza obudowy komputera. Trzeba powiedzieć, że zaletą pasywnego trybu chłodzenia komputera jest cicha praca, ale nie zawsze jest ono niezawodne.
Jeśli komputer pomimo jego wyczyszczenia z kurzu i brudu, nadal się nagrzewa, można zafundować mu lepsze układy chłodzące, montując dodatkowe wentylatory. Najlepiej zamontować je w przedniej i tylnej części obudowy komputera, ponieważ w takim przypadku jeden z wentylatorów będzie odprowadzał ciepło z przedniej części, a drugi z tylnej. Należy tak zamontować wentylatory, aby uzyskać optymalny prąd powietrza. Pamiętać trzeba o tym, że ciepłe powietrze ma tendencje do unoszenia się ku górze, dlatego też wylot powietrza powinien znajdować się wyżej niż wlot. Wentylatory na ogół mają średnicę od 80 do 120 mm. W zależności od tego, ile mamy wolnego miejsca w obudowie, można zastosować mniejszy bądź większy system chłodzenia. Warto zdecydować się na najcichszy model wentylatora.
Innym sposobem chłodzenia komputera jest układ chłodzący cieczą, dzięki któremu można uniknąć nadmiernego przepływu powietrza przez obudowę. Jeśli komputer zostanie wyposażony w chłodzenie cieczą, będzie się znacznie wolniej kurzył, niż w przypadku zastosowania standardowego systemu chłodzenia powietrzem. Układ chłodzenia cieczą odprowadza ciepło wytwarzane przez poszczególne podzespoły komputera do radiatora, który zlokalizowany jest na zewnętrznej ścianie obudowy i przekazuje je do otoczenia. Woda charakteryzuje się o wiele większą pojemnością cieplną niż powietrze, dzięki czemu stosuje się znacznie mniejszą prędkość przepływu w obrębie układu chłodzenia, co przekłada się na cichą pracę. Skuteczność chłodzenia cieczą jest wyższa, niż w systemach chłodzenia powietrzem. Urządzenia chłodnicze tego typu mają zamknięty obieg wymiany ciepła, z tego powodu radiatory wewnątrz obudowy nie ulegają zanieczyszczeniu, zaś wydajność chłodzenia pozostaje niezmienna przez długi czas.
Najcichszym i zdecydowanie najczystszym rozwiązaniem, jeśli chodzi o chłodzenie, jest obudowa chłodzona pasywnie, gdzie ciepło doprowadzane jest wyłącznie przez prąd powietrza, jaki powstaje przez nagrzanie się radiatorów, umieszczonych na zewnątrz obudowy naszego komputera. W takim przypadku nawet zasilacz jest pozbawiony wentylatora. Radiatory powinny być połączone w sposób bezpośredni z podzespołami, które wymagają zwiększonego chłodzenia. Można je połączyć wykorzystując do tego celu specjalne rurki do przenoszenia ciepła. Takie chłodzenie ma pewne wady, bowiem obudowy wyposażone w taki typ chłodzenia są kompatybilne jedynie z określonymi typami płyt głównych. Są one dodatkowo dosyć drogie i ciężkie.
Aktywne chłodzenie jest hałaśliwe, ale spełnia swoje zadanie. Pasywne chłodzenie pozwala na cichą pracę komputera, ale gorzej odprowadza ciepło.
Na ogół w komputerach wykorzystywane jest standardowe chłodzenie aktywne, które wykorzystuje odpowiednio rozmieszczone w obudowie wiatraczki. Dbają one o to, aby procesor, karta graficzna i zasilacz nie uległy przegrzaniu.
W chłodzeniu aktywnym można pokusić się o zmniejszenie poziomu emitowanego przez wiatraczki hałasu, jeśli kupimy wiatraczki o dużej średnicy. Dzięki sporej powierzchni odwracają się one wolniej i są automatycznie cichsze.
Chłodzenie z wykorzystaniem cieczy jest drogie, ale i bardzo efektywne. Jest adresowane przede wszystkim do graczy komputerowych, dla których konieczna jest ekstremalna wydajność sprzętu komputerowego. Chłodzenie wodne jest ciche i nie pozwala na przegrzanie się poszczególnych elementów komputera. Jego montaż jest niestety nader skomplikowany.